区别一：贷款利率
商贷的基准利率是6.15%，公积金贷款5年以上利率是4.25%。
区别二：贷款比例
同样一套房子，商业贷款如果是首套能贷7成，那么纯公积金贷款首套最多可以贷到8成。
区别三：贷款流程
商业贷款要在办理过户之前审核贷款，公积金贷款是在办理过户之后审核贷款。
区别四：审批时间
商业贷款大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。
区别五：贷款来源
商业贷款放款源头的来源主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缉费者缴纳的资金。
区别六：使用人群
商业房贷针对所有符合条件的社会公众开放，而公积金贷款则只对公积金缴纳者开放。
区别七：利息用途
商业房贷的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
区别八：审批机构
商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行；公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
区别九：年限和额度
不同银行和不同城市公积金管理中心规定不同，一般来说商业贷款可以选择的还贷期更长更灵活，额度更高。
区别十：二套房
商业贷款对二套房贷的政策性限制更多，利率更高；而公积金贷款则基本不受二套房贷的政策影响，同样可以享受**利率。
（以上回答发布于2016-12-27，当前相关购房政策请以实际为准）
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2. 首套房用公积金还是商贷好
根据个人的情况申请的。
公积金贷款申请条件有：
在贷款当地城镇常住有效户口，能提供有效居住证明；
在贷款之前有连续缴存6个月以上的住房公积金，公积金的累计缴存时间不能低于12个月；
首套房自筹资金达到所购住房总价的30%以上(含30%)，90平以下首套房贷则只需两成；
借款人具备正当的工作和稳定的收入，每月固定的工资收入，贷款偿还意向明确；
与售房处签署了购房契约或是合同；
符合委托人和受托人规定的其他条件。